E-sprawozdanie finansowe, to wciąż sprawozdanie finansowe. W związku z tym, w zakresie wymogów podpisywania sprawozdań finansowych stosuje się podobne zasady, jak dotychczas w zakresie podpisywania sprawozdań finansowych.
E-sprawozdanie powinno być podpisane przez osobę, której powierzono prowadzenie ksiąg rachunkowych (najczęściej główny księgowy lub dyrektor finansowy) oraz przez kierownika jednostki, czyli zarząd danej firmy. Jeśli zarząd jest wieloosobowy, pod sprawozdaniem powinni podpisać się wszyscy jego członkowie.
Aby podpisać e-sprawozdanie należy jednak posłużyć się podpisem elektronicznym. Ministerstwo Finansów przewidziało dwie możliwości elektronicznego podpisania e-sprawozdania: z zastosowaniem kwalifikowanego podpisu elektronicznego lub za pomocą profilu zaufanego ePuap.